Als 1961 die ersten Familien im Fasanenhof einzogen, wurden auf dem Gelände der heutigen Fasanenhofschule 2 transportable Schulpavillons errichtet, in denen die Schülerinnen und Schüler unterrichtet wurden.

In den ersten Jahren entwickelten sich die Schülerzahlen rasant: Täglich kamen, entsprechend der jeweiligen Fertigstellung der Wohnungen, ganze Kinderscharen zur Anmeldung. Es kam durchaus vor, dass der Unterrichtsmorgen mit 20 Schülern begann und zur Mittagszeit dann über 45 Kinder betreut werden wollten. Im Laufe der nächsten 2 Jahre wuchs die Schülerzahl auf über 1200 an.

Zu Ostern 1962 wurden alle Klassenstufen geführt, einschließlich eines Realschulzuges. In einem Pavillon am Ehrlichweg fand die Sonderschule mit zunächst 3 Klassen ihre Heimat.

Kurz nach Ostern 1963 fand die Einweihung der inzwischen fertig gestellten Fasanenhofschule in der Markus-Schleicher-Straße in der Turn- und Versammlungshalle statt. Schulchor und Orchester eröffneten die festliche Veranstaltung mit der „Fasanenhofkantate“.

Trotz der neuen Schule bestand weiterhin Raummangel. An ein umsetzen der Pavillons in andere Neubaugebiete war nicht zu denken. So erwies sich der Neubau einer Realschule Möhringen in der Nähe des Freibads als unumgänglich und der Fasanenhof geführte Realschulzug fand dort seine endgültige Heimat. In die leer werdenden Räume der Pavillons am Bonhoefferweg zog die inzwischen stark angewachsene Sonderschule vom Ehrlichweg ein. Die große Schülerzahl führte zu einer Trennung der Fasanenhofschule. Am Ehrlichweg entstand eine dreizügige, reine Grundschule in den dortigen Pavillons. Sie erhielt den Namen „Anne-Frank-Schule“.

1970 wurde an der Fasanenhofschule ein Schulkindergarten eingerichtet, der aber im Jahre 1975 aus räumlichen Gründen an den Ehrlichweg verlegt wurde.

Schon seit geraumer Zeit wurde die besondere Problematik des kinderreichen Stadtteils mit seiner besonderen sozialen Struktur von verschiedenen Gremien und Persönlichkeiten erkannt und diskutiert. Um im schulischen Bereich gezielt helfen zu können und bessere Chancen für die Fasanenhofschüler zu bieten, wurde das Modell einer Ganztagsschule entwickelt. Nach vielen Besprechungen und Beratungen auf verschiedenen Ebenen war dann der Umzug der Sonderschule (nach Möhringen) der äußere Anlass zur Einrichtung der Ganztagsschule. Die beiden Pavillons wurden mit 8 Klassenräumen frei und boten so den zusätzlichen Raum, den eine Ganztagsschule für Betreuung und Freizeitaktivitäten benötigte.

1980 führte die sinkende Schülerzahl zur Auflösung der vorher selbstständigen Anne-Frank-Schule. Sie wurde als Außenstelle der Fasanenhofschule angegliedert und führte die Klassen 1 bis 4 als Regelschule, während die Grundschulklassen der Fasanenhofschule ganztägig geführt werden.

Das Schulkonzept wird laufend an die neuen Verhältnisse angepasst. Besonderen Einfluss darauf haben sinkende Schülerzahlen, die neuen Bildungspläne und Personalveränderungen.

2007 erhielt die Fasanenhofschule den deutschen Hauptschulpreis.

Die sinkenden Schülerzahlen der Hauptschule in ganz Baden-Württemberg haben dazu geführt, dass viele Hauptschulen geschlossen wurden. 2008 wurde dann die Hauptschule der Fasanenhofschule geschlossen. Ab dem Schuljahr 2013/14 ist die Fasanenhofschule eine reine Grundschule.

Am Mittwoch, den 30.09.2015 wurden die beiden Pavillons an das Liegenschaftamt für die Unterbringung der Flüchtlinge übergeben.